基礎醫學研究所：台南市東區大學路1號成杏校區醫學院3樓(E區) 

一：自行開車：

南下：沿國道一號南下 → 下大灣交流道右轉 → 沿小東路直行 → 即可抵達本校。【自國道三號南下者，轉國道 8 號（西向），可接國道一號（南向）】。

北上：沿國道一號北上 → 下仁德交流道左轉 → 沿東門路 ( 西向 ) 往台南市區直走 → 遇林森路或長榮路右轉 ( 北向 )，即可抵達本校。【自國道三號北上者，轉 86 號快速道路（西向），可接國道一號（北向）】。

二：大眾運輸工具：

搭乘火車於台南站下車後，自後站出口（大學路），大學路左側即為本校光復校區直走至 勝利路左轉至小東路右轉，往前第一個紅綠燈左側即為成杏校區，基醫所位在成杏校區醫學院3樓。

搭乘台灣高鐵抵台南站者，可搭乘台鐵沙崙線往台南至台南站下 車後，自後站出口（大學路），大學路左側即為本校光復校區直走至勝利路左轉至小東路右轉，往前第一個紅綠燈左側即為成杏校區，基醫所位在成杏校區醫學院3樓。